موسسه آموزش عالی خردگرایان مطهر دارای امکانات رفاهی از قبیل سلف سرویس، کافی نت و خوابگاه خودگردان (خواهران)، کتابخانه و سالن مطالعه در داخل موسسه می باشد. ضمناً حضور روزانه مدیران گروه جهت پاسخگویی به سوالات تخصصی دانشجویان، وجود سیستم دانشجویی تحت وب (انتخاب واحد، اطلاع از نمرات و ارتباط با اساتید به صورت اینترنتی)، امکان استفاده از اینترنت رایگان با دریافت شناسه و رمز عبور در داخل موسسه، امکان فعالیت در تمامی رشته های ورزشی برای دانشجویان از طریق عقد قرارداد با مراکز و سالن های مختلف، ارائه تخفیف در شهریه ثابت به دانشجویان رتبه اول تا سوم در هر رشته مطابق آئین نامه داخلی و ارائه مشاوره های دانشجویی در زمینه های مختلف از جمله خدماتی است که این موسسه به دانشجویان خود ارائه می نماید.